马建军国画作品《牡丹》在2012年4月28日北京荣宝斋拍卖有限公司月拍会上以总价17.6万元成交，刷新了他的国画作品单张拍卖记录。此前，2007年马建军在“金融与收藏拍卖会”上单张作品以3.3万元和2.2万元成交。

近两年，马建军的国画作品受到了国内各大美术专业出版社的重视，荣宝斋出版社为他出版各种画谱、画集、专题四种，而人民美术出版社、天津人美出版社、杨柳青美术出版社、解放军艺术出版社、中国文联出版社、文物出版社、中国书画出版社、浙江美术出版社、广东岭南出版社、陕西美术出版社、山东人民美术出版社、宁夏人民出版社等各大出版社，为他出版个人专集20余种，而上海书画出版社、艺术名人杂志社、中国铁路出版社还为马建军与靳尚谊、陈丹青、孙其峰、张登堂等出版艺术合集。